Theo ý kiến một số độc giả, nhiều mục từ còn sơ lược, sắp xếp thiếu hệ thống, thiếu nhiều mục từ quan trọng, thông tin bị hạn chế, nhiều từ giải thích sai về sự kiện hoặc nội dung, những mục từ về danh nhân viết khá tuỳ tiện, phiên âm tiếng nước ngoài không thống nhất... nên chưa thỏa mãn người tra cứu.[8][9][10] Nội dung trên web không được cập nhật thường xuyên, ít có hình minh họa.

Giáo sư Hà Học Trạc, Chủ tịch Hội đồng Quốc gia biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam cho rằng "những sai sót ấy là nhỏ và khó tránh khỏi do khối lượng công việc quá lớn"[9]. Giáo sư Hà Học Trạc giải thích việc từ điển có lỗi vì không đủ nhân lực và thời gian để viết từ điển nên quy trình biên soạn không được tuân thủ nghiêm túc. Các cuộc họp thường xuyên để thảo luận các mục từ không có nội dung gì đặc biệt, lần họp nào cũng khuyết vài thành viên, vì thế quy trình giơ tay biểu quyết từng mục từ được rút ngắn lại.[9]

Tuy nhiên, Giáo sư Phạm Như Cương, Ủy viên Thường trực Hội đồng biên soạn Từ điển bách khoa Việt Nam phản đối ý kiến của Hà Học Trạc: "Chúng tôi luôn sẵn sàng tham gia mỗi khi triệu tập cuộc họp. Các ủy viên Ban Thường trực, ủy viên Hội đồng Quốc gia, và trưởng, phó các ban biên soạn chuyên ngành yêu cầu họp. Còn Giáo sư Trạc lại nhất nhất bác bỏ, đặc biệt là hai năm trở lại đây". Quan điểm của ông Trần Thọ Kim, nguyên Phó Ban Biên tập sách, Nhà xuất bản Chính trị Quốc gia là: "Giáo sư Hà Học Trạc có tổ chức họp đâu mà các ủy viên Hội đồng Quốc gia đến họp". Ông Kim cho rằng nguyên nhân khiến chất lượng Từ điển bách khoa Việt Nam không tốt là do "Việc biên soạn chẳng có ai đôn đốc, mạnh ai nấy làm, làm xong gần như chẳng có người đọc lại".[9]